O ensino superior farmacêutico só nasceu verdadeiramente em 1836, com a criação das Escolas de Farmácia anexas à Faculdade de Medicina da Universidade de Coimbra e às Escolas Médico-Cirúrgicas de Lisboa e Porto. Abriu-se assim um período caraterizado pela existência de um ensino superior farmacêutico tutelado pelos professores de Medicina e de uma dupla via de acesso ao exercício profissional. Apesar existência da Escolas de Farmácia, foi mantida a antiga forma de acesso ao título profissional, através da aprendizagem nas boticas, seguida de um exame final realizado na Faculdade e nas Escolas Médico-Cirúrgicas. Os que acediam à profissão por este processo, chamados farmacêuticos de segunda classe, tinham direitos equivalentes aos dos que seguiam o curso regular, os farmacêuticos de primeira classe. Nestas condições, as Escolas de Farmácia não podiam deixar de ser muito rudimentares, com uma frequência muito reduzida e um único professor farmacêutico. Esta escola teve uma média de cerca de 2,7 de inscritos no 1º ano durante todo o período de 1837 a 1902, chegando a ser apenas de 0,67 entre 1860 e 1880. Só a partir desta última data é que o ensino farmacêutico sofreu um crescimento, acompanhando igual expansão económica das farmácias.
O Curso Farmacêutico durava dois anos, mas antes da matrícula nas Escolas de Farmácia os alunos tinham de obter aprovação em vários preparatórios, que incluíam a Química Orgânica e Inorgânica e Botânica, ministrados na Faculdade de Filosofia de Coimbra e nas Escolas Politécnicas de Lisboa e Porto. Uma vez nas Escolas de Farmácia, o aluno tinha aulas com o Professor que ministrava Matéria Médica aos estudantes de Medicina e tinha aulas práticas no Dispensatório com o professor farmacêutico, com preleções teóricas de Farmácia e Toxicologia. O currículo era constituído pelas mesmas disciplinas no primeiro e no segundo ano, só havendo exame no final deste. Os livros seguidos eram essencialmente os compêndios escritos pelos professores e as farmacopeias oficiais em vigor.
Enquanto o Curso Farmacêutico era pouco concorrido, o número de exames para a obtenção do título de farmacêutico de 2ª classe era bastante maior, devido à igualdade de direitos entre os dois títulos e à maior facilidade de acesso pela via da aprendizagem prática. Além de algumas habilitações preparatórias, o candidato necessitava ainda de oito anos de prática numa farmácia para se apresentar a exame. O regime de aprendizagem não devia ser muito diferente do que era praticado no século anterior. Contudo, algumas farmácias, como a do Hospital de S. José, a Barral ou a Azevedo em Lisboa, tinham muita fama no que respeitava à formação dos praticantes. Para compensar a falta de formação teórica dos candidatos ao título de segunda classe, funcionaram vários cursos privados promovidos por farmacêuticos, como o do farmacêutico da Marinha e deputado Joaquim José Alves.
O fim das classes de farmacêuticos
A manutenção desta situação resultou principalmente das divisões entre farmacêuticos, reflexo do conflito entre um sector mais dinâmico, interessado na formação acelerada de profissionais especializados, e um outro sector que via no sistema tradicional de aprendizagem uma forma barata de terem praticantes nas suas farmácias. Só a partir de 1890 começou a haver um maior consenso nos círculos farmacêuticos mais ativos, abrindo caminho para o fim das duas classes. Em 1902, as Cortes aprovaram uma reforma que acabava com a distinção entre farmacêuticos de Primeira e de Segunda classe e obrigava todos os candidatos a farmacêuticos à frequência do Curso de Farmácia. Para se fazer face aos encargos provenientes da manutenção das Escolas de Farmácia, foi criado um selo sobre as especialidades farmacêuticas que acabou por ser desviado para outros fins.
Do avanço da Primeira República ao retrocesso no Estado Novo
O movimento geral de reforma do ensino levado a cabo pela 1ª República levou à constituição da Universidade de Lisboa, em 1911, mas a Escola de Farmácia continuou anexa à mesma instituição, agora denominada Faculdade de Medicina. O curso passou a ter um maior número de disciplinas e a duração total de quatro anos, conferindo o título de farmacêutico químico, mas só em 1918, o ensino da Farmácia passou a ser ministrado em Escolas Superiores independentes e autónomas. Em 1921, as três Escolas Superiores ascenderam a Faculdades de Farmácia, competindo-lhes atribuir os graus de licenciado e doutor em Farmácia. Em curto espaço de tempo, porém, as esperanças postas na existência das faculdades e os esforços despendidos para o seu desenvolvimento viriam a sofrer um rude golpe. A Faculdade de Coimbra foi extinta em 1928, juntamente com outros estabelecimentos, como parte da contenção das despesas orçamentais determinada pelo Estado Novo. Em 1932, foi também extinta a Faculdade de Lisboa e criadas, em substituição, as Escolas de Farmácia de Lisboa e Coimbra. A Farmácia ficou com um curso de licenciatura na Faculdade do Porto e com cursos médios de três anos em Lisboa e Coimbra. Esta situação manteve-se durante três décadas e meia, só vindo a ser corrigida em 1968, ano em que foram restauradas as Faculdades de Farmácia de Lisboa e de Coimbra.
