As universidades
O desenvolvimento do ensino universitário da medicina deu-se ao mesmo tempo que sofreu um novo impulso o comércio de especiarias orientais através do Mediterrâneo e cresceu o número dos que se dedicavam ao comércio ambulante de drogas e especiarias. Estes comerciantes, os especieiros, foram sofrendo um progressivo processo de especialização na preparação de medicamentos, aumentando a sua perícia e formação técnica e perdendo progressivamente o carácter ambulante, à medida que, a partir do século XI, a formação médica em geral e a assimilação do saber médico greco-romano aumentavam e que as condições económico-sociais, o desenvolvimento do comércio e crescimentos das cidades, o permitiam. O processo de nobilitação da profissão médica, associado ao domínio do latim e ao ensino universitário, implicava o abandono progressivo das funções manuais, incluindo a preparação de medicamentos, deixando o campo aberto para o crescimento do número de boticários. O mesmo processo de separação se deu entre a medicina, chamada dogmática, e a cirurgia, que juntamente com a farmácia constituíam a Medicina ministrante. Ao mesmo tempo que os médicos passavam a ter um ensino universitário com professores altamente especializados, os farmacêuticos e cirurgiões mantinham um tipo de formação baseado na aprendizagem com um mestre estabelecido, um tipo de aprendizagem que era comum às restantes profissões mecânicas. Os boticários, cujo nome se encontra etimologicamente relacionado com a existência de um armazém fixo, foram surgindo por toda a Europa, substituindo os especieiros, mesmo nos idiomas em que esta denominação se manteve.
A separação das profissões
A separação de facto entre as duas profissões foi seguida pela separação legal. O primeiro caso em que tal aconteceu terá sido em Arles, França, onde posturas municipais redigidas em 1162 determinaram a separação das duas profissões. Em 1240, Frederico II da Sicília e Nápoles, através do chamado Édito de Melfi, reafirmou a obrigatoriedade de um curso de tipo superior em Salerno para os médicos, ao mesmo tempo que proibiu qualquer sociedade entre médicos e farmacêuticos e determinou que estes tinham de dispensar os medicamentos de acordo com as receitas médicas e as normas da arte provenientes de Salerno. O mesmo diploma introduziu o princípio da necessidade de algum tipo de controlo dos preços dos medicamentos e do licenciamento e inspeção da atividade farmacêutica. Estas normas foram progressivamente adotadas pela Europa. Em França, as cidades de Avignon (1242) e Nice (1274) proibiram a sociedade entre farmacêuticos e médicos. Na Europa central, Basileia também separou as duas profissões entre finais do século XIII e princípios do século XIV. Em Portugal a obrigatoriedade dessa separação foi determinada em 1462.
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